Eficienţa comparativă a diverselor metode de diagnostic în identificarea stafilococilor coagulază-negativi

Mediul Mannitol Salt Agar (MSA) este utilizat în unele laboratoare în etapele de identificare a Staphylococcus spp. şi pentru diferenţierea Staphylococcus aureus de stafilococii coagulază-negativi. MSA conţine 7,5-10% clorură de sodiu (permiţând doar multiplicarea bacteriilor ce tolerează această concentraţie crescută) şi un singur zahar - manitol. S-a observat că şi unele tulpini de stafilococi coagulază-negativi pot produce colonii de culoare galbenă pe mediul MSA.

Într-un studiu au fost incluse 171 de tulpini de stafilococi coagulază-negativi care au dezvoltat pe MSA colonii de culoare galbenă. Tulpinile provenite din diverse zone din Nigeria au fost reprezentate de S. epidermidis, S. haemolyticus, S. nepalensis, S. pasteuri, S. sciuri, S. warneri, S. xylosus, S. capitis, S. saprophyticus, S. cohnii, S. arlettae, S. kloosii şi S. gallinarum. Acestea au fost identificate prin secvenţiere genetică (ARNr 16S). Au fost comparate rezultatele obţinute la identificarea prin Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectometry (MALDI-TOF) şi VITEK. Pentru tulpinile la care s-au obţinut rezultate discordante a fost realizată identificarea prin secvenţierea genei tuf. Deşi identificarea stafilococilor coagulază-negativi se realizează în unele situaţii (rareori) prin secvenţiere genetică (ARNr 16S), gradul crescut de similitudine între speciile înrudite poate pune probleme, din aceste cauze poate fi folosită ca alternativă secvenţierea altor gene, precum rpoB, tuf, dnaJ sau sodA (Hwang et al, 2011). Gena tuf codifică factorul Tu, care este implicat în formarea lanţului peptidic (Hwang et al., 2011).

La identificarea prin MALDI-TOF, 8 specii au fost identificate corespunzător în toate cazurile, în timp ce în cazul unor tulpini identificarea a fost corectă în următoarele procente: S. saprophyticus (90%), S. cohnii (81%), S. arlettae (14%), S. kloosii (0%) şi S. gallinarum (0%). Identificarea prin VITEK a fost corectă în toate cazurile de S. epidermidis, S. gallinarum, S. haemolyticus, S. sciuri, S. warneri, S. xylosus şi S. capitis; şi în următoarele procente pentru S. saprophyticus (84%), S. arlettae (86%), S. cohnii (75%), S. kloosii (60%), S. nepalensis (0%), S. pasteuri (0%). Identificarea nu a fost corespunzătoare nici prin secvenţiere genetică (ARNr 16S) în cazul S. capitis şi S. xylosus. În acest studiu, identificarea prin VITEK a fost superioară faţă de MALDI-TOF.

Problematica diagnosticul corect a fost discutată şi într-un alt articol în care au evaluat eficienţa metodelor clasice pe 507 microorganisme identificate ca S. aureus pe baza caracteristicilor morfologice a coloniilor pe geloză sânge, MSA, aspectului pe frotiu colorat Gram şi rezultatul testului coagulazei (Ayeni et al., 2016). Stabilirea speciei în acest studiu a fost realizată prin secvenţiere genetică; doar 11% dintre tulpini erau S. aureus, restul erau stafilococi coagulază-negativi (85%), Bacillus spp. (12%) şi Brevibacterium spp. (3%) (Ayeni et al., 2016). Între aceste tulpini a fost un număr mare de cazuri fals pozitive (Ayeni et al., 2016).

Stabilirea protocoalelor pentru identificarea speciilor necesită încă ajustări, metodele noi sau rapide nereprezentând de fiecare dată o soluţie, atât din cauza imposibilităţii financiare sau logistice pentru unele laboratoare de a le achiziţiona şi folosi, dar şi din cauza rezultatelor fals pozitive sau fals negative care se pot obţine. Ca atare, există situaţii în care apar erori în identificarea unor agenţi patogeni pentru care tratamentul este necesar sau chiar folosirea necorespunzătoare a terapiei antimicrobiene (în situaţii în care aceasta nu este recomandată).